迷失岛2作为一款解谜冒险游戏，其核心玩法围绕探索神秘岛屿和破解复杂谜题展开。游戏中的灯塔任务具有典型的神秘色彩，玩家需要找到灯塔入口并解开底层、中层和顶层的三层谜题才能完成任务。初始阶段需根据地图地标寻找灯塔位置，进入后通过破解符号机关、迷宫挑战以及战斗环节逐步推进，最终点亮灯塔可获得金币、道具等奖励，同时解锁相关成就。该任务设计融合环境互动与逻辑推理，是游戏内最具代表性的神秘挑战之一。
游戏中的电线修复任务同样充满神秘氛围，玩家需在岛屿各处收集绝缘胶带和电线接头等关键物品。这些物品通常隐藏在需要解谜或战斗才能触发的区域，例如废弃工厂或古老图书馆。修复过程要求玩家定位两个断口位置，其中一个位于灯塔附近，另一个可能分散在岛屿其他角落。完成修复后需返回灯塔启动电源，这一机制将任务与场景变化紧密关联，形成连贯的叙事链条。
时间旅行机制是游戏神秘任务体系的重要组成部分。玩家通过获取时间石块启动时光机器，在不同时间线中获取关键道具如蓝珠子和石饼。过去与现时间切换会改变场景状态，例如过去获得的种子在现代会成长为可用道具。这种时空交错的设计使得曼陀罗花等特殊物品的获取过程充满悬念，需要玩家在不同时间维度中比对线索才能推进。
工厂解密环节呈现出工业风格的神秘感，玩家需根据外星人提供的线索打开编号09的房间。房间内的石板排列组合谜题需要结合先前记录的图案信息，成功破解后可获得鲁特琴等关键道具。工厂区域还隐藏着与漂流瓶任务相关的密码线索，这些线索往往通过环境细节呈现，例如墙壁花纹或设备显示屏，要求玩家具备细致的观察力。
火箭发射任务是游戏后期的重要神秘节点，涉及能量块收集与密码破译。玩家需将金色石块放入神庙底层，通过石像眼睛的方向判定获取蓝色能量块。最终在飞船一楼放入能量块后，还需破解休眠仓密码与宇航员对话。整个流程串联起多个场景的线索，包括神庙壁画、工厂密室的图案等，形成跨区域的复合型解谜体验。
游戏中的神秘任务普遍采用非线性设计，道具获取与场景变化存在多重关联。例如鲸鱼探索环节用工厂获得的刀剖开鱼腹可获得鱼骨和矛头，这些物品又与其他谜题产生交互。此类设计增强了探索过程的不可预测性，使每个任务的解决都可能成为新线索的起点。部分任务如漂流瓶谜题在二周目会产生变化，进一步加深了游戏的神秘特质。
