影之刃三的支线任务中，玩家会遇到多个具有挑战性的boss，这些boss分布在不同的任务线中，需要玩家根据任务指引逐步解锁。在支线任务善恶有报中，最终需要击败的boss是坠星丘陵的刘，该boss拥有较高的攻击力，战斗时需注意其突进技能。另一支线正义使者的boss隐藏在剧情指引的终点，玩家需通过多次对话触发战斗，该boss以范围伤害为主，建议保持移动规避。
支线任务狂乱之心的boss位于坠星丘陵逆天难度下，玩家需先收集三个人格碎片才能触发战斗。该boss的战斗机制较为特殊，护甲恢复速度较快，需合理分配破甲技能。支线冤有头债有主中，玩家会在梅花林梅花秘境遭遇行运豹子，该boss分为真假两个阶段，击败真身后才能获取任务道具。灭法司的残酷美学支线的boss需要玩家在三个不同地点收集通缉残肢后解锁，战斗时需注意其多段连招。
部分支线boss的触发条件较为隐蔽，例如兼听任务中的董文和董武，玩家需完成多次对话和物品传递后才能进入战斗。这类boss通常具备剧情关联性，战斗难度与主线boss相当。奇戒双生任务的boss落源和落清分布在坠星原不同区域，击败后可解锁第二个戒指槽，属于功能性较强的支线boss。人偶之魂支线的boss虽无直接战斗环节，但任务流程中需要处理特殊机制。
支线boss的设计往往与任务剧情深度绑定，例如银顶之巅的悬崖少女和童心难存的妞妞父亲，虽然不属于传统意义上的战斗boss，但任务完成过程需要应对特定情境。部分高难度支线如工匠的秘密对决会掉落金装图纸，其boss战对装备和操作有一定要求。影之刃三的支线boss体系兼顾了战斗挑战和剧情体验，玩家可根据自身进度选择性挑战。
