生蛋系统是获取特定宝可梦的重要途径之一。玩家需要将两只性别不同且属于同一生蛋组的宝可梦寄存在培育屋中，经过一定步数后即可获得精灵蛋。生蛋组是决定宝可梦能否配对的关键因素，不同种类的宝可梦可能属于多个生蛋组，但只有至少一个共同分组才能成功繁殖。火焰身躯特性的宝可梦可以大幅缩短孵蛋所需步数，建议将其放在队伍首位以提高效率。
紫堇市左侧的培育屋是进行生蛋操作的主要场所。将符合条件的宝可梦交给屋内的老婆婆后，玩家需要在外移动以积累步数。当老爷爷站在培育屋门口时，表明精灵蛋已准备好领取。孵化过程无需特殊操作，只需携带精灵蛋继续行走即可。需部分宝可梦无法通过生蛋获得，例如百变怪或未发现组的宝可梦，这类宝可梦通常需要通过其他方式获取。
百变怪在生蛋系统中具有特殊作用，它可以与几乎所有能生蛋的宝可梦配对，且不受性别限制。利用百变怪可以快速获取目标宝可梦的蛋，尤其在培育高个体值或特定性格的宝可梦时非常实用。孵化后的宝可梦会继承亲代的部分技能和特性，但不会保留亲代的等级和基础点数。玩家可以通过携带特定道具来影响子代宝可梦的性格或技能继承概率。
生蛋系统还涉及隐藏特性的传递机制。如果亲代中有一方携带隐藏特性，且另一方为百变怪，则子代有一定概率继承该特性。部分技能只能通过生蛋遗传获得，这类技能通常无法通过等级提升或技能机器学习。玩家需要提前规划亲代的技能搭配，以确保子代宝可梦具备理想的技能组合。
自行车是快速积累步数的理想工具，尤其是在紫堇市附近的自行车道上往返移动。玩家可以组建专门的孵蛋队伍，将火焰身躯特性的宝可梦与携带精灵蛋的宝可梦编入同一队伍，从而最大化效率。生蛋系统虽然耗时，但能为玩家提供更多战术选择和收集乐趣。
